In questa stagione, però, qualcosa si è rotto nel rapporto armonioso tra Theo e il Milan. Prima l'addio di Stefano Pioli, l'allenatore che lo ha definitivamente consacrato, poi l'arrivo di Paulo Fonseca e i primi problemi. Hernandez viene escluso dai titolari nel primo match con il Torino, mentre nel secondo incontro gioca dal primo minuto ma concede i due gol decisivi al Parma. Per la terza gara, il laterale francese è costretto a tornare in panchina e, da quel momento, inizia il suo anno terribile.

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