Dopo il licenziamento da parte del Diavolo, il lusitano non è rimasto per molto tempo a casa e, dopo un mese, ha firmato con il Lione in Francia. È la sua seconda esperienza nel paese transalpino: la prima avventura era stata con il Lille. L'inizio di Fonseca era stato molto positivo, con i suoi ragazzi che si erano rialzati da un brutto periodo e si erano iscritti alla lotta per entrare in Champions League. Nel mezzo, però, è arrivato un fattaccio: il tecnico ha protestato veementemente con un arbitro finendo testa a testa, atteggiamento che gli è costata una squalifica di nove mesi.

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